Hjelm ligger i det sydvestlige Kattegat, nord for Samsø, øst for Djursland, ca. 5 km fra fastlandet (Hassensør på Djursland).

Sejlafstand til Ebeltoft er ca. 14 km.

Øens areal er 63 ha. Det højeste punkt, Fyrbakken, ligger 45 m over havet, hvor Hjelm Fyr troner.