Der er fundet spor af mennesker fra stenalderen, men øen er bedst kendt som tilholdssted for Marsk Stig og de fredløse i perioden 1290-1306. Marsk Stig byggede en borg på Hjelm og døde på øen i 1293.

I de fredløses tid blev der fra Hjelm udført plyndringstogter mod mange danske byer, og på øen blev der fremstillet falske mønter. Det skete som en del af en strid om magten i Danmark. Marsk Stig var i ledtog med den norske konge Erik Præstehader, Jens Grand, ærkebiskop i Lund og hertug Valdemar af Slesvig. Formålet var at gøre hertug Valdemar til Konge af Danmark. Se bl.a. http://www.danskmoent.dk/soemod/eksil.htm

Om mønterne på Hjelm har Jørgen Sømod skrevet bogen: Den hemmelige alliance: Eksilregeringen på Hjelm og dens mønter.

Der er tre historiske, fredede voldsteder: Fyrbakken, Kastelsbakken og Skådebakken. Se kortet i fanebladet “OM ØEN” under emnet “NATUR”

Der er senest foretaget arkæologiske udgravninger på øen, senest i 1999 og 2000.

Man kan læse om øens historie og de arkæologiske udgravninger i bogen Marsk Stig og de fredløse på Hjelm
http://da.unipress.dk/udgivelser/m/marsk-stig-og-de-fredløse-på-hjelm/